Penyajian laporan keuangan tetap merupakan beban dan tanggung jawab pihak manajemen organisasi. Pemeriksaan internal perlu dilakukan organisasi sebagai usaha pemenuhan tuntutan internal mengenai transparansi dan akuntabilitas. Pemeriksaan internal juga diharapkan menjadi tahapan persiapan (pra-audit), sebelum dilakukannya audit eksternal oleh Kantor Akuntan Publik.
Pemeriksaan internal bisa dilakukan terhadap proyek/program atau terhadap organisasi. Pemeriksaan terhadap proyek/program dilakukan terhadap Fund Accountability Statement. Sedangkan pemeriksaan terhadap lembaga/organisasi dilakukan terhadap laporan keuangan konsolidasi sesuai PSAK 45.
Hasil pemeriksaan internal akan meliputi:
1. Jurnal Koreksi
2. Penyajian Kembali Laporan Keuangan
3. Management Letter
Sebagaimana layaknya sebuah audit, pemeriksaan internal mencakup jenis pemeriksaan operasional, pemeriksaan kepatuhan dan pemeriksaan atas penyajian laporan keuangan.
Tahapan pemeriksaan internal adalah a. Perikatan dan Perencanaan, b. Penilaian atas Sistem Pengendalian Internal, c. Melakukan Tes dan Pemeriksaan dan d. Pelaporan.
